合同约定：预付款保函是为保障基础交易合同中预付款的而设立的，合同双方可根据交易的具体安排和需求，在合同中约定预付款保函的期限。比如在大型设备采购合同中，双方可根据设备生产周期、运输时间等因素，协商确定预付款保函的期限。
双方意愿：申请人和受益人作为保函的主要利益相关方，若基于自身利益考虑和实际业务情况，经协商达成一致，就可以对保函期限进行调整。例如，申请人希望缩短保函期限以减少担保责任时间，而受益人在评估风险后也同意，那么就可以进行相应调整。
项目进度调整：若项目提前或推迟完成，预付款的返还或抵扣时间也会相应变化，此时可协商调整保函期限。如项目提前完工，预付款提前抵扣完毕，可协商提前终止保函期限。
协商的一般流程
提出协商：由申请人或受益人根据实际情况，向对方提出关于预付款保函期限协商的请求，并说明理由。
双方沟通：申请人与受益人就保函期限调整的具体事宜进行沟通和协商，各自阐述利益诉求和考虑因素，寻求双方都能接受的解决方案。
达成一致：经过协商，双方就保函期限达成一致意见后，形成书面的协议或补充协议。
通知担保人：双方将协商一致的结果通知开立保函的银行或担保机构，由其审核并办理相关的保函期限调整手续。