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北京儿童医院共有在职职工2105人，其中医生597人，护士927人，医技279人。正高级职称138人，副高级职称168人，中级职称570人。医院拥有中国现代儿科医学奠基人诸福棠、小儿白血病专业学科带头人胡亚美、中国小儿外科创始人之一张金哲等国内儿科界仅有的三位院士，以及突出贡献专家9人，享受政府特殊津贴人员31人，先后有38人次入选“十百千”人才资助。
北京儿童医院积极发挥学科作用，领航儿科行业发展。2013年牵头组建北京儿童医院集团，创新“病人不动、医生移动”的模式服务全国患儿，目前集团成员已达15家。医院不仅在国内享有很高的声誉，而且在国际儿科界也有广泛影响，与美国、俄罗斯、加拿大、意大利、澳大利亚、瑞典、德国、法国、日本、新加坡和捷克等国的儿童医疗机构建立了良好的关系和广泛的合作。
尿道下裂是小儿泌尿生殖系统常见的畸形之一，占北京儿童医院泌尿外科病房收治病人数量的1/3～1/2，每年住院手术1000人次以上，还不包括几位知名专家外出会诊手术的例数。北京儿童医院泌尿外科团队经过近50年、几代人努力，在尿道下裂上积累了丰富经验，在国内水平。是国内收治病人数量多的科室，尤其重度尿道下裂病例占很大比例。